تم افتتاح برنامج ماجستير الهندسة المعمارية في قسم الهندسة المعمارية بالجامعة الإسلامية عام 2008، ومنذ ذلك الحين استفاد من البرنامج عشرات المهندسين والمهندسات في الارتقاء بخبراتهم الأكاديمية والمهنية، حيث يتم تدريس المواد والإشراف على الأطروحة ضمن نظام يسمح لغير المتفرغين بالالتحاق بالبرنامج، وقد تم تصميم البرنامج ليحقق الأهداف التالية:
1. الارتقاء بالمهارات الأكاديمية والمهنية للمهندسين في المجالات المعرفية المختلفة للهندسة المعمارية.
2. تطوير مهارات التفكير الإبداعي والتحليلي الذي يؤهل الخريجين للتعامل مع المشاكل العمرانية بكفاءة.
3. تعزيز القدرة على نقل المعارف ومناقشتها مع بأسلوب نقدي سليم في بيئة متعددة التخصصات.
تطوير مهارات البحث العلمي وتشجيع البحوث التطبيقية التي تخدم المجتمع الفلسطيني.