تأسست كلية الهندسة بالجامعة الإسلامية في مطلع العام الدراسي 1992/1993م. ولقد جاء تأسيس الكلية في هذه الفترة ملبياً للحاجة المتزايدة لطلبة قطاع غزة، وتجاوب مع حاجة المجتمع الفلسطيني في مرحلة إعادة البث والكفاءات الهندسية المتميزة.